Penginjilan bagi masyarakat Pene utara dilakukan pertamakali oleh seorang misionaris asal Belanda Krayer van Alts pada tahun 1908. Sebelumnya masyarakat Pene Utara hidup dan berinteraksi dalam kungkungan feodalistik di bawah pimpi Raja Neki Nitbani yang masih beragama asli halaik.
Krayer van Alts masuk ke Pene utara bersama Sepa Nenobais, warga Pene Utara yang pulang ke kampungnya setelah bebas dari penjara Belanda di Kupang. Dia dipenjara Belanda karena membunuh isterinya.
Kisah Krayer van Alts dan Sepa Nenobais sampai masuk Pene utara yang akhirnya sebagai awal masuknya Injil di wilayah Amanuban dan Amanatun itu, juga menyimpan kekaguman karena penetapan Pene Utara sebagai wilayah awal pengabaran Injil mengikuti isyarat kokok ayam jantan yang dibawa keduanya dalam perjalanan dari Kapan-wilayah Molo ke wilayah Amanuban dan Amanatun.
Saat kedua orang itu tiba di Haukolo/Oemanu, suatu tempat di dekat Pene Utara, tiba-tiba ayam itu berkokok untuk pertama kalinya dan mengarahkan pandangannya ke wilayah Mnelahue (sekarang Pene, tempat didirikan Gereja Betlehem). Keduanya meyakini kalau kokok ayam jantan tersebut merupakan petunjuk Tuhan bagi mereka untuk memulai pengabaran Injil di wilayah Amanuban dan Amanatun.
Misi Krayer van Alts untuk menabur kabar keselamatan di Pene Utara bersama Sepa Nenobais tidaklah mulus karena harus menghadapi otoritas rezim Raja Neki Nitbani bersama rakyatnya yang masih halaik. Krayer van Alts kesulitan mendapatkan orang yang bisa dijadikan partner selain Sepa Nenobais untuk menjalankan misinya mengenalkan, dan meneguhkan Injil di hati masyarakat setempat. Sepa Nenobais kemudian menyarankan agar mereka masuk melalui Tipu Nenobais, kakak Sepa Nenobais yang menjadi panglima (meo) Raja Neki Nitbani. Terlintas dalam benak Sepa Nenobasi, sebagai seorang meo, kakaknya itu akan sanggup mengatasi segala suasana hati masyarakat. Mereka kemudian menemui Tipu Nenobais di kediamannya untuk memperkenalkan Tuhan melalui Injil.
Setelah melalui penjelasan panjang lebar akhirnya Tipu Nenobais menerima ajakan kerja sama Krayer van Alts, dan Tipu menjadi orang pertama yang menerima Injil di Pene utara setelah adiknya Sepa Nenobais. Untuk menguji ketetapan hati Tipu Nenobais, Krayer van Alts meminta Tipu Nenobais menembak mati seekor burung elang yang sementara terbang. Tipu Nenobais berhasil menembak jatuh burung elang tersebut.
Masuk Nasrani
Dan, sebagai bukti mereka menerima Injil, kakak beradik itu mengizinkan Krayer van Alts memotong konde rambut mereka sekaligus sebagai tanda mereka telah menjadi umat Nasrani. Keduanya lalu disebut dalam pantun berbahasa dawan yang berbunyi, “Tiup-tiup nabalah hen tiup to Slani, sepa-sepa nabalah hen seop to slani”. Tiup to slani artinya membelokkan haluan umat, sedangkan seop to slani artinya mengumpulkan umat yang berserakan.
Setelah berhasil mengajak Tipu dan Sepa Nenobais masuk Nasrani, Krayer van Alts kembali ke Belanda dengan membawa bulu ekor burung elang yang ditembak mati oleh Tipu Nenobais sebagai bukti bahwa Injil telah ditaburkan di Pene Utara.
Reaksi Raja NitbaniSepeninggal Krayer van Alts, Tipu Nenobais dan adiknya Sepa Nenobais meneruskan misi pengabaran Injil. Keduanya mengajak dua orang saudara mereka, Ote Tunliu dan Muke Maunino untuk masuk menjadi Nasrani. Kedua orang ini pun akhirnya menjadi Nasrani dengan memotong konde rambut mereka.
Pekabaran injil yang disebar keempat orang kakak beradik ini dilakukan dengan cara ceritera dan mulut ke mulut dan secara sembunyi-sembunyi karena takut diketahui Raja Neki Nitbani.
Setelah empat tahun disebarkan secara tertutup oleh keempat orang ini, Injil kemudian mulai disebar secara terbuka di Pene utara melalui jalur pendidikan di salah satu sekolah rakyat (SR) di Pene utara (sekarang SD GMIT Pene Utara) pada 1 Agustus 1912.
Adalah Lukas Pattipelohy, guru asal Ambon-Maluku di SR tersebut yang mengabarkan Injil dengan mengajarkan soal ajaran Yesus kepada murid-muridnya, termasuk orangtua murid, termasuk keempat bersaudara yang telah lebih dulu menerima Injil.
Sekitar 10 tahun kemudian (1912-1922) pengabaran Injil lewat SR ini membuahkan hasil karena semakin banyak warga yang mengizinkan konde rambutnya dipotong oleh Lukas Pattypelohy sebagai tanda peralihan keyakinan dari halaik ke Nasrani.
Pengabaran injil melalui SR itu akhirnya tercium oleh Raja Neki Nitbani. Banyak warga yang ditangkap dan dipenjarakan, termasuk keempat kakak beradik itu. Namun tiga hari kemudian mereka dilepas dengan alasan yang belum diketahui oleh para penutur kisah ini.
Di antara warga yang menerima Injil, ada nama Nuna Nenobais, isteri pertama Raja Neki Nitbani yang juga adalah saudari kandung dari keempat orang perintis pekabaran Injil di Pene Utara. Nuna Nenobais dan keenam anaknya Kusa Nitbani, Obe Nitbani, Pae Nitbani, Boi Nitbani, Oko Nitbani dan Sopo Nitbani diusir dari Sonaf Pene Utara (kediaman raja) karena dianggap telah menerima Injil.
Pada 1922, Krayer van Alts kembali ke Pene Utara dan saat itu pengabaran Injil dipisahkan dari SR ke salah satu rumah yang disiapkan khusus untuk melangsung kebaktian sekali seminggu, yakni pada hari Minggu. Saat itu Krayer Van Alts mencanangkan perubahan nama warga dari halaik ke Nasrani.
Pada kedatangan kedua Krayer van Alts ini, Raja Neki Nitbani sudah tak berdaya membendung warga untuk mengikuti kebaktian. Apalagi setelah diketahui bahwa kekuasaan Belanda ada di belakang misi Krayer van Alts.
Pembaptisan
Pada 1923, untuk pertama kalinya pembaptisan jemaat secara Nasrani dilakukan di Pene Utara oleh Pendeta Pieter Middlekoop. Ada 25 warga yang dibaptis pada waktu itu. Setahun kemudian, Middlekoop kembali membaptis lagi 218 warga Pene Utara. Tahun 1927 Middlekoop membaptis lagi 76 orang dan pada 1928 untuk pertamakalinya Pendeta Middlekoop melakukan peneguhan sidi bagi sembilan jemaat Pene Utara di Kapan-Molo.
Selanjutnya pada 1930, Middlekoop kembali membaptis 161 warga, sehingga dalam waktu sekitar delapan tahun, ada 572 warga dibaptis. Peneguhan sidi kembali dilakukan Middlekoop pada April 1932, sebanyak lima jemaat, Desember 1932 18 orang, 1935 sebanyak 16 orang yang semuanya dilakukan di Kapan.
Pada tahun 1936 barulah semua anggota sidi yang sudah diteguhkan itu untuk pertama kalinya menerima Sakramen Perjamuan Kudus di Pene Utara oleh pendeta Florence Sodakh. Gedung kebaktian di Pene Utara sendiri sudah dibangun sejak 1922. Renovasi bangunan gereja terus dilakukan hingga pada 1986. Pada tahun 1997 gedung gereja diresmikan Bupati TTS waktu itu, Piet Sabuna yang kemudian memberi nama Jemaat Betlehem Pene Utara. Jemaat itu berkembang hingga menjadi 20 mata jemaat pada tahun 1940. Namun seiring bertambahnya jemaat, sehingga belasan jemaat lainnya terpisah dan membentuk kelompok mata jemaat lain. Sementara kini tersisa empat mata jemaat, termasuk jemaat induk, GMIT Betlehem Pene Utara. Dan, kini jemaat di empat mata jemaat tersebut berjumlah lebih dari 1.000 jiwa dari 531 kepala keluarga.